По постановлению Правительства СССР и в соответствии с Приказом Государственного Комитета стандартов, мер и измерительных приборов СССР (Госстандарта) №115 от 29 июня 1965 года на базе Иркутской лаборатории времени и частоты в г. Иркутске был организован Сибирский филиал «Всесоюзного научно-исследовательского института физико-технических и радиотехнических измерений» (СФ «ВНИИФТРИ»).

До 1970 г. его директором являлся д.ф.-м.н. Гострем Рунар Викторович. С января 1970 года Сибирский филиал ВНИИФТРИ возглавляет к.ф.-м.н. Таничев Игорь Николаевич.
В соответствии со специализацией метрологических институтов Сибирский Филиал «ВНИИФТРИ» был определен в 1973 году как Вторая эталонная база времени и частоты на Востоке страны и затем наделен статусом Государственного научно-метрологического Центра и Государственного Центра испытаний средств измерений.

С 1981 директором Сибирского филиала ВНИИФТРИ приказом Госстандарта назначен к.ф.-.м.н. Гудков Олег Ильич.

С 1985 года Сибирский Филиал становится самостоятельным Восточно-Сибирским НИИФТРИ и в этом же году на основании распоряжения Совета Министров СССР от 29.08.85 г. и приказа Госстандарта СССР от 24.09.85 г. №066 на базе Восточно-Сибирского НИИФТРИ, специального конструкторского бюро ВС НИИФТРИ и Иркутского опытного завода «Эталон» создано научно-производственное объединение «Эталон» (НПО «Эталон»), генеральным директором которого назначен Гудков Олег Ильич.

С 11 октября 1989 года приказом Госстандарта №392 НПО «Эталон» преобразован в Восточно-Сибирский научно-исследовательский институт физико-технических и радиотехнических измерений («ВС НИИФТРИ»).

На базе института в 1994 г. Госстандартом РФ аккредитовано учебное подразделение, осуществляющее подготовку и переподготовку кадров в области метрологии и стандартизации.
Восточно-Сибирский НИИФТРИ выполняет государственные функции по обеспечению единства измерений в закрепленных направлениях деятельности.

С 2005 г. Егоров Виктор Николаевич назначен исполняющим обязанности директора ФГУП «ВС НИИФТРИ».

По распоряжению Правительства Российской Федерации от 10.03.07 г. №272-р и в соответствии с Приказом Федерального агентства по техническому регулированию и метрологии №753 от 22.03.07 г. произведена реорганизация Федерального государственного унитарного предприятия «Всероссийский научно-исследовательский институт физико-технических и радиотехнических измерений» путем присоединения к нему ФГУП «ВС ВНИИФТРИ». В соответствии с Приказом ФГУП «ВНИИФТРИ» №143 от 10.10.07 г. создано обособленное структурное обособленное подразделение Восточно-Сибирский филиал ФГУП «ВНИИФТРИ».
Директором Восточно-Сибирского филиала ФГУП ВНИИФТРИ Приказом ФГУП «ВНИИФТРИ» №704-к от 19.10.2007 г. назначен Егоров Виктор Николаевич.

В настоящее время Восточно-Сибирский филиал ФГУП «ВНИИФТРИ» успешно решает возложенные на него задачи по обеспечению единства измерений в стране, ведет комплекс научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ по созданию высокоточной аппаратуры для частотно-временных и радиотехнических измерений, измерений влажности газов.

Учебный центр Восточно-Сибирского филиала ФГУП «ВНИИФТРИ» в соответствии с лицензией на право осуществления образовательной деятельности (серии А №192168 Регистрационный №1042 от 15 августа 2008 г.) проводит в регионе повышение квалификации и подготовку метрологов-поверителей.

Филиал участвует в международном сотрудничестве, в ключевых и дополнительных сличениях национальных эталонов между Россией, Финляндией, США, Японией, Великобританией, Китаем и другими.