Основы создания филиала были заложены в далеком 1943 году, когда, несмотря на тяготы военного времени, по указанию правительства в Иркутске началось создание первой службы времени в Сибири.
В 1965 году по постановлению Правительства СССР и в соответствии с Приказом Государственного Комитета стандартов, мер и измерительных приборов СССР (Госстандарта) № 115 от 29 июня 1965 год на базе Иркутской лаборатории времени и частоты был образован Сибирский филиал Всесоюзного научно-исследовательского института физико-технических и радиотехнических измерений (СФ ВНИИФТРИ).
До 1970 г. его директором являлся д.ф.-м.н. Гострем Рунар Викторович. С января 1970 года Сибирский филиал ВНИИФТРИ возглавил к.ф.-м.н. Таничев Игорь Николаевич.
В соответствии со специализацией метрологических институтов Сибирский Филиал «ВНИИФТРИ» был определен в 1973 году как Вторая эталонная база времени и частоты на Востоке страны и затем наделен статусом Государственного научно-метрологического Центра и Государственного Центра испытаний средств измерений.
С 1981 директором Сибирского филиала ВНИИФТРИ приказом Госстандарта назначен к.ф.-.м.н. Гудков Олег Ильич.
С 1985 года Сибирский Филиал становится самостоятельным Восточно-Сибирским НИИФТРИ и в этом же году на основании распоряжения Совета Министров СССР от 29.08.85 г. и приказа Госстандарта СССР от 24.09.85 г. №066 на базе Восточно-Сибирского НИИФТРИ, специального конструкторского бюро ВС НИИФТРИ и Иркутского опытного завода «Эталон» создано научно-производственное объединение «Эталон» (НПО «Эталон»), генеральным директором которого назначен Гудков Олег Ильич.
С 11 октября 1989 года приказом Госстандарта №392 НПО «Эталон» преобразован в Восточно-Сибирский научно-исследовательский институт физико-технических и радиотехнических измерений («ВС НИИФТРИ»).
С 2005 г. Егоров Виктор Николаевич назначен исполняющим обязанности директора ФГУП «ВС НИИФТРИ».
По распоряжению Правительства Российской Федерации от 10.03.07 г. №272-р и в соответствии с Приказом Федерального агентства по техническому регулированию и метрологии №753 от 22.03.07 г. произведена реорганизация Федерального государственного унитарного предприятия «Всероссийский научно-исследовательский институт физико-технических и радиотехнических измерений» путем присоединения к нему ФГУП «ВС ВНИИФТРИ». В соответствии с Приказом ФГУП «ВНИИФТРИ» №143 от 10.10.07 г. создано обособленное структурное обособленное подразделение Восточно-Сибирский филиал ФГУП «ВНИИФТРИ».
Директором Восточно-Сибирского филиала ФГУП ВНИИФТРИ Приказом ФГУП «ВНИИФТРИ» №704-к от 19.10.2007 г. назначен Егоров Виктор Николаевич.
В ноябре 2014 года директором Восточно-Сибирского филиала назначен Лазовик Иван Николаевич. Приказ ФГУП «ВНИИФТРИ» № 1618-к от 27.11.2013 года.
В январе 2017 года директором Восточно-Сибирского филиала назначен Константинов Константин Витальевич. Приказ ФГУП «ВНИИФТРИ» № 44-к от 16.01.2017 года.
С 25 февраля 2019 г. исполняет обязанности директора филиала Модестова Галина Ивановна. Приказ от 22.02.2019 № 367-К.
Образование и динамичное развитие филиала, позволило в период с 1970 по 1986 гг. создать ряд эталонных комплексов, которые в дальнейшем стали основой при создании государственных эталонов единиц величин и по сей день занимают лидирующие позиции, как внутри страны, так и за рубежом, это:
Государственный первичный эталон единиц относительной влажности, молярной (объемной) доли влаги, температуры точки росы/инея, конденсации углеводородов ГЭТ 151-2020;
Государственный первичный эталон единиц комплексной диэлектрической проницаемости в диапазоне частот 10 Гц — 10 МГц ГЭТ 121-2015;
Государственный первичный эталон единиц комплексной диэлектрической проницаемости в диапазоне частот от 1 до 178,4 ГГц ГЭТ 110-2012.
В настоящее время сотрудники филиала продолжают работы в области обеспечения единства измерений в различных отраслях промышленности на основе тех высоких стандартов качества, которые были заложены на этапе создания и успешно передают опыт молодому поколению метрологов.
Для обеспечения работ по определению параметров вращения Земли спутниковыми методами, геодинамических наблюдений в филиале функционирует полигон, где создан опорный базисный пункт — часть Государственного первичного специального эталона длины в диапазоне 24 м – 4000 км ГЭТ 199-2018, а также размещена составная часть модернизированных комплексов метрологического обеспечения системы ГЛОНАСС.
Филиал в соответствии с Лицензией рег. № 1357 от 31.03.2015 г. серия 90Л01 № 0008348, проводит обучение в области дополнительного профессионального образования — повышение квалификации и переподготовку специалистов метрологических служб, а также аттестацию специалистов в качестве поверителей средств измерений.
Филиал участвует в международном сотрудничестве, в ключевых и дополнительных сличениях национальных эталонов между Россией, Финляндией, США, Японией, Великобританией, Китаем и другими.